（1）基料堆酵处理是上世纪90年代研发的一种技术，当时针对发菌慢、污染率高、病虫害严重三大问题而研究、推广的发酵技术，堆酵处理的基料的确表现为发菌快、成功率高。但是堆酵过程中，基料产生大量生物热，其能源的绝大部分均来自基料自身，就是说，基料堆酵的过程，也是一个基料自身营养大量流失的过程，因此，对后期产菇势必产生不利影响。经试验，使用棉籽壳原料时，采用熟料制袋或生料直接播种发菌是最佳解决办法。
（2）生料装袋播种后，菌种的萌发、菌丝的发展，势必在菌袋内产生生物热，尤其在高温季节发菌，极易发生“烧菌”现象，一旦菌袋内达到42℃，就会形成烧菌，该菌袋则无出菇的可能了，即使在12月至翌年2月的低温季节为了保温，而忽视了散热和通气，将菌袋码高数层，甚者覆盖塑料膜及保温被之类，任其自然，同样可以产生烧菌的后果。
