播种后20天左右，菌丝长到整个培养料的2/3时开始覆土。覆土是栽培上非常重要的一环，覆土土质的好坏直接影响姬松茸的产量和质量。覆土对姬松茸主要起到4个方面的作用：
(1)覆土层内土壤微生物活动能刺激诱导姬松茸子实体的形成。
(2)覆土后，料面和土层的通气性能降低，菌丝在代谢过程中所产生的二氧化碳不能很好的散发，改变了氧气和二氧化碳的比例。一定浓度的二氧化碳可促进子实体的形成。
(3)覆土后，料面和土层内部能够保持一个相对稳定的小气候，加之要向土层喷洒大量的水分，使姬松茸菌丝在水分充足的条件下，持续不断地形成子实体。
(4)覆土对料面菌丝的机械刺激和喷水的刺激都可促进子实体形成，并支持菇体。姬松茸不覆土不出菇，要求选用保水通气性能较好的土粒用作覆土，不能用太坚硬的砂土。一般采用田底土、泥炭土或人造土(取河泥、塘泥并加入牛粪粉和石灰粉进行堆沤，经1个月后即可使用，pH值9左右)。覆土前一天将土调至含水量为70%～75%。覆土采用平铺方式或锯齿式，即先在料面上覆上一层1厘米左右的土粒后，每间隔10～15厘米做一宽10厘米、高5厘米的土坎，厚度约3～4厘米。
