栽培方法很多，不同品种也有所不同，在原有的畦栽、袋栽基础上，近几年有许多新突破，如园田化栽培、保护地栽培、立体栽培、地下栽培、覆土栽培、反季节栽培等等，应当指出，采用这些技术时，都是有利有弊，必须结合当地实际进行。这里介绍一些比较先进的栽培方法。
⑴平菇床畦覆土盖草法：既有复土出菇的优点，又克服菇根沾泥的缺点，方法是在大棚内设床畦，宽1米左右，深30厘米，将坑底泥土挖松，铺一层肥泥，将成熟菌袋从中间切开成二节，脱去筒膜，竖立排放在畦内，覆土层不能厚，浇足水，然后盖膜发菌，当见到土面爬满菌丝后覆一层长15-25厘米的稻麦秸（预泡石灰水）覆草厚度以明显看不见复土层为宜，然后再复盖薄膜，发菌，要注意通风换气，过几天后就有大量原基发生。
⑵单排式泥面菌墙复土法。要预先准备好复土和抹墙泥材料，以河泥塘泥为好，菜园土次之，土中加4-5％菜并浸出液，0.5-1％磷肥，0.2％尿素，0.1％-0.2％磷酸二氢钾，1-3％石灰粉，加水适量，调和成营养稀泥备用。大棚内按间距80-100厘米筑土埂或砌墙脚（高15-25厘米）将脱袋菌棒依次平排在土埂上，淋一次追肥液（4-5％的菜并浸出液，加0.4￥-0.6％尿素）盖一层营养稀泥，如此堆放7-10层，高90-110厘米，然后用泥板收浆，将墙面抹平，待墙面稍干后，次日再抹营养稀泥，菌墙顶部用泥土做成蓄水池，经常灌水，让其自然渗透，以保持湿润。
⑶袋式复土栽培：将发好菌的菌袋脱去薄膜后直接进行棚、畦床复土栽培。选择排水良好、土地肥活的地块，挖深10-20厘米，宽100-150厘米，长度不限的畦床，畦床南北向，周围挖好排水沟，床底要求平整，撒上少量石灰消毒，然后将脱袋后的菌棒横放纵向排列于畦床上，菌棒间隙3-5厘米，用肥土或发酵料填满，再于菌棒表面复3-5厘米厚的粗细混合土（或菜园土）覆土材料使用前用1-2％石灰水消毒，复土后盖薄膜和草帘，避免阳光直射，然后按出菇状况进行管理。
⑷窄垄穴播栽培。例如平菇生产，按床宽一米，料厚10厘米，然后用木板将上层料分开，做成窄垄，使整个床面呈波浪状。波峰相距30厘米，用木板压实，然后用穴播法播种，穴距10厘米×10厘米，并在表面撒一层菌种，撒一层料，用木板拍平，上面盖一层用2％石灰水调湿的碎稻草，加盖薄膜发菌，进行常规管理。
⑸室内床式栽培：一般蘑菇、平菇等都能在室内、大棚内设架使用。床架要牢固，一般床宽1米，4-5个层次，上、下层距离50厘米，保证有散射光照到床面，床面铺塑料薄膜，使用前用5％石灰水喷洒四壁和地面，如播种蘑菇时，先垫铺培养料，厚薄一致，料面平整，厚度一般15厘米，为了发挥菌种优势,一般都采用穴播,穴距为8×10厘米，穴深3-4厘米，一般750毫升的蘑菇瓶菌种可播种0.27-0.33平方米面积。方法是：用手指挖穴，将菌种置于穴中，盖一层培养料，轻压，使菌种和料贴紧，播后用薄膜覆盖保湿，暗光发菌。
