菌种制作是草菇栽培的重要环节，采用人工培育的纯菌种栽培草菇，出菇快、产量高、品质好。菌种培养条件28～30℃,10～15d。草菇原种生产主要有麦粒菌种。棉籽壳菌种和草料菌种3种。麦粒菌种的配方为麦粒87%、砻糠5%、稻草粉5%、石灰2%、石膏或碳酸钙1%；棉籽壳菌种配方为棉籽壳70%、干牛粪屑16%、砻糠5%、米糠或麸皮5%、石灰3%、石膏1%；草料菌种的配方为2～3cm长的短稻草77%、麸皮或米糠20%、石膏或碳酸钙1%、石灰2%。培养基含水量65%左右，培养条件为28～30℃，750ml的菌种瓶或12cm×25cm的塑料菌种袋培养20d左右。
草菇菌种的保存应在15℃条件下，3个月左右转管一次，各不同菌株要严格标记、分开保存，菌株混杂会引起拮抗作用，不能形成子实体。
