黑木耳是一种胶质菌，属于真菌门，它是由菌丝体和子实体两部分组成。菌丝体无色透明，是由许多具横隔和分枝的管状菌丝组成，它生长在朽木或其他基质里面，是黑木耳的营养器官。子实体侧生在木材或培养料的表面，是它的繁殖器官，也是人们的食用部分。子实体初生时像一小环，在不断的生长发育中，舒展成波浪状的个体，腹下凹而光滑，有脉织，背面凸起，边缘稍上卷，整个外形颇似人耳，故此得名。
菌丝发育到一定阶段扭结成子实体。子实体新鲜时，是胶质状，半透明，深褐色，有弹性。干燥后收缩成角质，腹面平滑漆黑色，硬而疏，背面暗淡色，有短绒毛，吸水后仍可恢复原状。子实体在成熟期产生担孢子（种子）。担孢子无色透明，腊肠形或肾状，光滑，在耳片的腹面，成熟干燥后，通过气流到处传播，繁殖它的后代。
黑木耳是一种腐生真菌，它没有叶绿素，自己不会制造食物，它要依靠其他生物体里的有机物质作为它的养料。同时它营腐生生活，一定要在死了的生物体上才能生长发育。它的菌丝对生物体里的纤维素、半纤维素的分解能力很强，能使生物体最后粉碎。
黑木耳的担孢子在条件适宜的情况下萌发成菌丝，或形成分生孢子，由分生孢萌发再生成菌丝。由于菌丝不断地生长，逐渐又产生分枝，并且在分枝中生成横隔，发育成每横隔内只有一个核的管状绒毛菌丝，即单核菌丝。这种由单孢子萌发生成的菌丝，有正负不同性别的区分，把这种菌丝称为为初生菌丝或一次菌丝。再通过两个不同性别的单核菌丝顶端细胞接触相互融合后，形成一个双核细胞，双核细胞通过锁状联合发育成以核菌丝。此时，菌丝不断的生长发育，并且生出大量的分枝向生物的深部蔓延，吸收大量的营养和水分，为进一步发育成子实体做好准备，一旦条件成熟，就在生物体表面产生子实体原基。
