目前播种主要分为三种：撒播、条播、机播。
撒播：撒播的应用最为广泛，首先将田地整理成畦后，平整畦面，将揉碎的菌种按照所需的菌种量直接撒播在畦面上，之后覆土3-5cm。覆土可以用钉耙将菌种与厢面上的土层抖混，也可以用翻土机将沟内的土翻撒至畦面。
条播：条播也是近年来应用较多的播种方式，具有爆发性出菇的特点。具体做法是在畦面上开具20-30cm间距的小沟，沟深5-10cm，将揉碎的菌种撒之沟内，之后用铁耙子将厢面上的土回填沟槽。
机播：目前已有厂家生产出羊肚菌播种机，与小麦的播种方式类似，可实现播种覆土一次完成，效率更高。
播种后原则上应避免菌种裸露在空气中，但部分地区的土质沙性严重，过于松散，不利于菌丝生长，可适当在畦面保留一部分菌种，不超过种植量的20%。
